علوم عقلی در حوزه های علمیه یکی از عرصه هایی است که در تنگنا و موردبی لطفی قرار گرفته است. بههمین دلیلعارفان وحکیمان(مثل ملاصدرا و خواجه حافظ شیرازی و...)،از دیدگاه بعضی از عناصر داخلی(مثل بعضی از مردم جاهل)و استعمار گران خارجی،مورد انکار واقع شده اند.امام خمینی (ره)،منشأ این مخالفت ها و دشمنی ها و مهجوریت علوم عقلی را ،محرومیت انسان از معارف عمیق دین می دانستند.شهید مطهری و شهید بهشتی نیز تربیت شدگان آن امامی هستند که هم طلبه ای های ایشان به علت پرداختن امام خمینی (ره)به علوم فلسفی،به ظرف آبی که امام(ره) و یا فرزند شان به آن دست می زدند را نجس می دانستند(چون به عقیده ی ایشان، شاغل به علوم فلسفی ،نجس است). شهید مطهری وشهید بهشتی ، روح آزاد اندیشی را در میان دانشجو یان و طلّاب دمیدند و معارف اسلامی را از جهالت و خرافه و جمود و تحجّر نجات  

دادند.

همچنین حوزهی علمیّه ی آزاد و مستقل می تواند جا معه و نظام را آزاد سازد و به مردم خدمت کند وآن ، زمانی محقّق می شود که از قول ثقیل برخوردار باشد(إنّا سنلقی علیک قولا ثقیلا)[1]

بخش مهم قول ثقیل، قرآن وعقل است.